Từ năm 1994 đến năm 1997, Phạm Phú Quốc công tác trong ngành du lịch.[2]

Phạm Phú Quốc từng là Trưởng phòng Tiếp thị điều hành du lịch tại Công ty Phát triển Đầu tư và Trưởng phòng Điều hành tour Công ty Thương mại dịch vụ Du lịch Tân Định Fiditourist thuộc Công ty xuất nhập khẩu và dịch vụ Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh.[2]

Công tác tại Tổng công ty Bến Thành

Từ năm 1998, Phạm Phú Quốc là Trưởng phòng Điều hành tour Công ty Thương mại dịch vụ Di lịch Tân Định Fiditourist thuộc Tổng công ty Bến Thành (Bến Thành Group).[2]

Năm 2000, Phạm Phú Quốc được thăng chức Thư kí Hội đồng quản trị kiêm thư ký Tổng Giám đốc Tổng Công ty Bến Thành.[2]

Năm 2001, Phạm Phú Quốc làm Phó Trưởng phòng Kế hoạch đầu tư của Tổng Công ty Bến Thành.[2]

Ngày 20 tháng 4 năm 2001, Phạm Phú Quốc gia nhập Đảng Cộng sản Việt Nam.

Năm 2004, ông được thuyên chuyển làm Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dịch vụ Bến Thành (thành viên của Tổng Công ty Bến Thành).[2]

Năm 2008, ông giữ chức Trưởng phòng Quản lý Dự án Tổng Công ty Bến Thành.[2]

Năm 2009, ông được thăng chức Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Bến Thành.[2]

Tháng 2 năm 2014, Phạm Phú Quốc được bổ nhiệm chức vụ Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng Công ty Bến Thành (theo mô hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên).[2]

Theo báo cáo kinh doanh của Bến Thành Group năm 2014, doanh thu toàn hệ thống đạt hơn 13.000 tỷ đồng, đạt vượt mức kế hoạch và Phạm Phú Quốc có uy tín cao.[2]

Công tác tại HFIC

Tháng 9 năm 2015, Phạm Phú Quốc được Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh bổ nhiệm giữ chức vụ thành viên không chuyên trách Hội đồng thành viên kiêm Tổng Giám đốc Công ty Đầu tư Tài chính Nhà nước Thành phố Hồ Chí Minh (HFIC) với thời hạn 5 năm.[2][3]

Ông là Phó Bí thư Đảng ủy Công ty đầu tư Tài chính nhà nước thành phố Hồ Chí Minh.

Công tác ở Viện Nghiên cứu phát triển Thành phố Hồ Chí Minh

Ngày 5 tháng 2 năm 2018, Phạm Phú Quốc, thành viên không chuyên trách Hội đồng thành viên, Tổng Giám đốc Công ty Đầu tư tài chính Nhà nước Thành phố Hồ Chí Minh (HFIC), được Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh Trần Vĩnh Tuyến trao quyết định của UBND TPHCM điều động, bổ nhiệm giữ chức vụ Phó viện trưởng Viện Nghiên cứu phát triển Thành phố Hồ Chí Minh thời hạn 5 năm.[3]

Tổng giám đốc IPC

Ngày 4/12/2019, Phạm Phú Quốc được UBND TP HCM bổ nhiệm làm Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Phát triển công nghiệp Tân Thuận (IPC), thay Tề Trí Dũng đã bị bắt trước đó về hành vi Tham ô tài sản và Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí.[4]